Presumivelmente nascido no romper do século, em Rouen como denuncia a raiz toponímica do seu nome, João de Ruão, de cuja ascendência não temos fontes genealógicas, encontra-se documentada em Portugal em 1528, onde certamente através de D.Jorge de Meneses, confirmado senhor de Cantanhede em 4 de Abril de 1527, se acerca das terras do Mondego, para lavrar o retábulo da Varziela, que será, na expressão de Nogueira Gonçalves, a página de introdução à sua obra de Coimbra, cidade em que centrará a sua actividade durante mais de meio século, até à sua morte ocorrida na freguesia de S.João da Cruz em 28 de Janeiro de 1580.

É aqui que cedo se casa com Isabel Pires, filha de Pedro Pires, mestre de carpintaria das obras reais, e de Leonor Afonso, unindo-se por uma teia de parentescos e contraparentescos a uma pleiade de artistas que marcaram o séc.XVI português. De sua sogra era irmão Jorge Afonso, que vivia para Lisboa, junto ao Convento de S.Domingos, e cunhado Francisco Henriques, que findara os seus dias em 1518, vítima da peste que grassara em Lisboa, deixando entre as suas numerosas filhas uma que casaria com Garcia Fernandes. A prima direita de sua mulher, Isabel Jorge, era casada com Gregório Lopes, de quem teve Cristóvão Lopes, a quem D.João III nomearia pintor régio por carta de 18 de Agosto de 1551, no ano seguinte ao da morte de seu pai. E eram seus cunhados Marcos Pires, precocemente falecido em 1521, e Ana Pires, mulher de Cristóvão de Figueiredo, de quem teve Pedro de Figueiredo.

Se não é documentado ser seu pai o artista normando seu homónimo Jean de Rouen, de que nos chegou registo de actividade, sabido é ter sido progenitor de dois notáveis arquitectos, Jerónimo celebrizado pela traça da nova, e discutida, capela mor de Santa Maria de Belém e da Igreja de Nossa Senhora da Luz, da qual, post terramoto, restam a capela-mor e o transepto, que serve de túmulo à encomendante infanta D.Maria, e Simão de Ruão, que regressado de uma estadia em Itália, é, em 1567, encarregado de traçar um sistema defensivo para a Foz do Douro, servindo depois na Índia, para onde embarca com o vice-rei D.Luís de Ataíde, aos quais podemos juntar o irmão destes, João, juiz de fora que, em 1570, dirige as obras do Forte da Barra de Viana do Minho.